numpy undefined symbol: PyFPE_jbuf

Refresh

December 2018

Views

19.3k time

13

I am trying to use the One Million Song Dataset, for this i had to install python tables, numpy, cython, hdf5, numexpr, and so.

Yesterday i managed to install all i needed, and after having some troubles with hdf5, i downloaded the precompiled binary packages and saved them in my /bin folder, and the respective libraries in /lib , after that i tested this python script : http://labrosa.ee.columbia.edu/millionsong/sites/default/files/tutorial1.py.txt

and it worked fine, to be clear the way i made it work was to first run the script and start installing the needed dependencies, but today i restarted my laptop and it didn't work, now it throws me this error on the console :

python2.7 script.py 

returns :

import numpy as np # get it at: http://numpy.scipy.org/
from . import random
from .mtrand import *
ImportError: /home/francisco/.local/lib/python2.7/site-packages/numpy/random/mtrand.so: undefined symbol: PyFPE_jbuf

seems to me that there is a missing variable in such file, my guess is that the script is looking for the numpy library in the wrong place, since i made so many failed installations maybe i broke something and it only worked out because it was loaded in the temporal memory of the computer.

I tried installing Anaconda, and i created a new environment and installed the packaged with the anaconda package manager, and even thought i listed all packaged and it returns :

# packages in environment at /home/francisco/anaconda2/envs/Music:
#
biopython                 1.66                np110py27_0  
cython                    0.23.4                    <pip>
hdf5                      1.8.15.1                      2  
mkl                       11.3.1                        0  
numexpr                   2.5                 np110py27_0  
numpy                     1.10.4                   py27_1  
openssl                   1.0.2g                        0  
pillow                    3.1.1                     <pip>
pip                       8.1.1                    py27_0  
pytables                  3.2.2               np110py27_1  
python                    2.7.11                        0  
python-ldap               2.4.25                    <pip>
readline                  6.2                           2  
reportlab                 3.3.0                     <pip>
requirements              0.1                       <pip>
setuptools                20.3                     py27_0  
sqlite                    3.9.2                         0  
tables                    3.2.2                     <pip>
tk                        8.5.18                        0  
wheel                     0.29.0                   py27_0  
zlib                      1.2.8                         0  

i still get the same error. I really need help and don't know what else to try. Thanks.

6 answers

0

Сначала удалите numpyиз /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy-1.11.0-py2.7-linux-x86_64.egg и затем использовать следующую команду

sudo pip install numpy scipy

Я был решить эту ошибку в моем случае.

24

У меня была та же проблема, вероятно, вы установили NumPy без Anaconda, так что конфликт из-за этого, что Numpy использовать: что один установленный с пип или Конда. Когда я снял без Anaconda NumPy, пошла ошибка.

pip uninstall numpy
3

Я согласен с предыдущими записями, что это, видимо, обусловлено наличием нескольких версий NumPy установлено. Для меня это было не достаточно, чтобы просто использовать Пип, я также имел несколько версий пипа установлен.

Указание конкретной пип решена проблема:

/usr/bin/pip3 uninstall numpy
3

Для пользователей Cython:

Ни для одного из вышеуказанных подходов работали. Это сообщение было полезно. Там объясняется, что есть некоторый флаг (--with-fpectl), который устанавливается во время компиляции CPython или нет. Если библиотека была собрана под CPython без этого флага, она не совместима с версией с этим установленным флагом. Это только получить очевидным , когда вы используете Cython в NumPy не использовать это расширение.

Как заявил далее в этой должности, мой Ubuntu 16.04 был создан с этим флагом , но Конда без. Для меня это было конкретно модуль hmmlearn метания неопределенной ошибки символа. Это должно быть , потому что он был погружен в Ubuntu с установленным флагом не анаконда. Так что я демонтирована hmmlearn и установил его заново из sourcescode . (Anaconda , к сожалению , не дает hmmlearn). -> Работа!

5

Ирония, это лучше, я перезагрузил свой ноутбук без ничего не делать, и это сработало. Не могу понять, почему.

0

Изначально я установил Cython с помощью системы / USR / BIN / ПРП и anconda пипс. Я удалил систему Cython с помощью системы пипа и переустанавливать с помощью conda install cython. Работы в настоящее время.